股東會與董事會的職權，要如何區分呢？股東會做出決議，董事會是否就應該照辦呢？
股份有限公司的董事會、股東會或監察人這三個機關，我們可以約略把它們理解為「三權分立」的概念，董事會比較像行政院，負責決定公司的經營政策和執行；股東會比較像立法院，負責決定影響公司經營走向及營運成果的重要事項；而監察人則比較像司法院，針對董事會及股東會的行為及決議內容進行監督，避免公司受到損害。
◆ 股東會只決定公司法和公司章程有明定的重大事項
公司法規範董事會及股東會權限範圍的關鍵法條規定在第202條：「公司業務之執行，除本法或章程規定應由股東會決議之事項外，均應由董事會決議行之。」
從條文內容可以知道，專屬於股東會能夠決定的事項，必須是「公司法」或「公司章程」有明定的重大事項，除此之外，其他的事項就是董事會決議的範圍。
「公司章程」可以把它想像成是公司的「憲法」，舉凡股份有限公司的名稱、組織安排（例如董事會應該要由幾個人組成及監察人應選任幾人等）、公司可發行股份的數量等等涉及公司重大事項的規劃，都必須訂定在章程裡，所以「修訂章程」這個重要任務，可想而知公司法便規定應交由股東會來決議。
簡單來說，公司法有明文規定，當然就依法分別由股東會或董事會來決定，但如果公司法「沒有」明文規定特定議案究竟應該由股東會或是董事會來決定，原則上公司可以透過「章程先自行決定」負責決議的機關；但是如果連「章程都沒有寫清楚」，那麼依照公司法第202條的規定，「董事會」就有權限決定這些事情，以確保公司的經營效率。
◆ 哪些事項只能由股東會決議？
除了前面提到的修改章程，以及每年股東常會承認公司的營業、財務等相關報表，還有部分公司治理事項，公司法本來就明文規定應該專屬於股東會來進行決議，不能任由董事會代勞。而股東會決定的方式原則上可分成普通決議和特別決議，對公司特別重大的事項，會透過股東會特別決議來決定，以下列舉公司法規定專屬於股東會，而且必須由股東會特別決議通過的事項：
1、解除公開發行股份有限公司轉投資上限（自己的實收股本40％）的限制。
2、將已發行具有票面金額的面額股全部轉換為無票面金額的無面額股。
3、已公開發行股票的公司申請停止公開發行。
4、出租全部營業、委託經營，或讓與公司主要財產或受讓其他公司的主要財產等公司重大營業政策變更的行為。
5、解任公司的董事或監察人。
6、許可董事競業禁止的限制。
7、公司分派盈餘時，決定用發行新股的方式發放。
8、決定以公積發放新股或現金給股東。
9、發行限制員工權利新股。
10、修改公司章程。
11、解散、合併或分割公司。
12、閉鎖性股份有限公司變更為非閉鎖性股份有限公司。
◆ 董事會的權限
1、公司法或公司章程未規定應由股東會決議之事項外，均得由董事會決議為之：一定要由股東會決議之事項，公司法是採正面表列之方式。亦即除公司法或公司章程明訂應由股東會決議之事項外，均得由董事會決議為之。
按照公司法第202條之規定：「公司業務之執行，除本法或章程規定應由股東會決議之事項外，均應由董事會決議行之。」舉例而言，例如變更公司章程（公司法第277條）、公司解散、合併、分割之決議（公司法第316條）、決議盈餘分派或虧損撥補（公司法第184條）等事項，均應由股東會決議。
2、除公司法或公司章程另有規定外，董事會應按股東會決議行事：股東會既然為公司最高意思表示機關，公司最重要的資源：「錢脈」，來自於股東，則公司的決策或未來走向，原則上應按股東會決議行之。
但是股東會決議事項不可能鉅細靡遺，更不可能每日召開。由此方面來說，董事會可謂股東會決議事項的執行者。除公司法或公司章程規定，專屬於董事會決議之事項外，董事會應遵從股東會之決議。
3、專屬董事會決議之事項：
公司法規定專屬董事會決議之事項，舉重要者為例，包括：
（一）經理人之委任、解任、與報酬：
按照公司法第29條之規定，在股份有限公司經理人之委任、解任、與報酬應由董事會由以董事過半數之出席，及出席董事過半數同意之決議行之；在有限公司，則需全體股東過半數同意。
所以在股份有限公司，股東會不得決議撤換經理人。僅得決議由董事會撤換經理人。對於此項決議，董事會應遵照股東會之決議行事。
（二）公司債之募集及向應募人催繳所認金額（公司法第246條第1項與第254條）。但董事會應將募集公司債之原因及有關事項報告股東會。
【相關條文】公司法第246條：「公司經董事會決議後，得募集公司債。但須將募集公司債之原因及有關事項報告股東會。前項決議，應由三分之二以上董事之出席，及出席董事過半數之同意行之。」
公司法第254條：「公司債經應募人認定後，董事會應向未交款之各應募人請求繳足其所認金額。」
（三） 發行新股：包括公司，分次發行新股，與變更章程後增資發行新股（公司法第266條）。
【相關條文】公司法第266條：「公司依第一百五十六條第二項分次發行新股，或依第二百七十八條第二項發行增資後之新股，均依本節之規定。公司發行新股時，應由董事會以董事三分之二以上之出席，及出席董事過半數同意之決議行之。第一百四十一條、第一百四十二條之規定，於發行新股準用之。」
→ 股東會擁有修改章程的權限，是否將導致股東會透過修改章程擴張權力，造成董事會決策權被取代的風險嗎？
答案是有的，如果董事會的決策權被股東會取代，公司日常營運的決策與執行便會落在股東會身上，如此一來，公司將需要耗費大量資訊溝通成本確保所有股東都可以了解公司各項業務，並取得股東的決策共識，將可能導致公司決策不夠有效率，面對商場上瞬息萬變的情勢，恐怕緩不濟急。因此，公司法也有明文規定專屬由董事會進行決定的事項，例如任免總經理、選董事長等， 這些事項股東會便不能夠透過修改章程來取代董事會的決策權。
→ 如果股東會授權董事會代勞怎麼辦？
對於依公司法應經股東會決議事項，最後卻由董事會通過，不論董事會是不是有經過股東會授權，這項董事會決議都是一個違反法律強制規定的決議，依民法的規定，原則上是無效的。這時繼續持有公司股份達一年以上的股東，可以對公司的董事會提起訴訟，請求董事會停止這個違法的行為[23]，如有需要也可以視情況，請求法院一併確認董事會的決議無效。
民法第71條：「法律行為，違反強制或禁止之規定者，無效。但其規定並不以之為無效者，不在此限。」，但是，如果決議內容涉及第三方交易相對人，例如公司法185條規定的重大交易行為，該違法的董事會決議對交易相對人而言，是否絕對無效，實務上有分歧的見解：
有判決採「無效」說（例如：最高法院80年度台上字第434號民事判決），認為決議未依公司法所定程序進行即不生效力；
也有判決採「效力未定」說（例如：最高法院98年度台上字第1981號民事判決），認為決議可以透過股東會事後承認而溯及於董事會決議時發生效力；
另還有判決採「相對無效說」（例如：最高法院97年度台上字第2216號民事判決），認為決議是否有效，應該要看交易相對人是否「善意」，也就是說，如果交易相對人對於交易內容是否構成公司重大交易行為一事並不知情，則該違法的董事會決議對交易相對人而言應認定為有效，以維護交易安全。